蔡英文在以八百一十七萬張創歷史紀錄的高票當選連任後，其將會實施的高層組織路線如何調整，將會成為各方關注焦點。

組織調整的第一個觀察點，是蔡英文極有可能將會重新兼任民進黨主席。本來，《民主進步黨黨章》第十五條之一就規定，「現任『總統』為本黨黨員時，自其就任之日起，為本黨主席，至其卸任之日止。其任期以『憲法』規定之『總統』任期為一任，不適用第十五條第三項關於任期之規定。『總統』不出任本黨主席時，代理主席或新任主席之產生方式，依第十五條第三項主席出缺之規定辦理，其任期與『總統』之任期同。」因此，原本就是民進黨主席的蔡英文，二零一六年當選並就任「總統」後，就按照黨章的這項規定繼續兼任「當然黨主席」。但後來因民進黨慘敗「九合一」選舉而引咎辭黨主席職。現在「二合一」選舉大贏而扳回一城，已經完全彌補一年多前的失利，因而有理由及條件重新兼任黨主席。

但將有三個時間點。其一是二月一日的第十屆「立法院」屆期開始。民進黨雖然提了七席，但卻實現了選前提出「國會過半」的願景，因而可將民進黨再次佔據「立法院」多數優勢，視為與一年前的敗選告別。而且，蔡英文再次兼任黨主席，也有利於「府政院」同步一致。

第二個時間點是「五二零」。如果說，目前仍是蔡英文的第九任「總統」任期之內，亦即仍然處於「九合一」敗選的責任期，因而她要重新兼任黨主席再急，也要等到五月二十日第十任「總統」任期開始之時。而且，從字面上看，也較為適應民進黨黨章中「自其就任之日起，為本黨主席」的表述。

第三個時間點，是在可能於七八月間舉行的民進黨第十九屆第一次全國黨員代表大會期間，亦即籍著「全代會」換屆，將會依章進行黨代表改選，在「全代會」上進行中執委，中執委及中常委改選，蔡英文即趁勢兼任黨主席。按照慣例，無論是由全體黨員直接選舉產生的票選黨主席，或是因為是「總統」而兼任的當然黨主席，均須「全代會」予以「背書」。

組織調整的第二個觀察點，是「行政院長」。在「二合一」選舉結果出爐後，蘇貞昌本來已經宣布將率領全體閣員總辭，但卻被蔡英文所慰留。其實蘇貞昌是多此一舉，因為既然民進黨並非是敗選，他就無需「引咎」辭職。而且蔡英文的「總統」得票創下歷史新高，剛好在整整一年前出任「行政院長」的蘇貞昌，有一定的「貢獻」，進行政策賄選大撒幣，成功地對此前蔡政府的劣政進行停損止血，並有所進展。

需要調整的，可能會是「行政院」副院長。倘民進黨外圍團體發起的「罷免高雄市長案」能夠成功獲得通過，「行政院」副院長陳其邁就可能會返回高雄市參加市長補選，實施「王子復仇記」。倘此，「副院長」就需要填補。去具體的時間點，可能就是在「罷免案」獲得通過之時。以蔡英文在高雄市奪得一百零九萬票，韓國瑜才六十一萬票，而通過「罷免案」只須五十八萬票同意，其實就是以「九合一」選舉中，陳其邁在高雄市所得的七十四萬票，就完全可以罷免韓國瑜，而無需要到蔡英文的一百萬票那麼多。從「罷免案」的時序流程看，極有可能是在今年七月間進行投票。倘獲得通過，陳其邁將參加補選，或可能會當選高雄市長。此時也正是民進黨「全代會」開會之時，卓榮泰卸任黨主席，正好可能是填補「行政院」副院長的空缺。由於他在接任黨主席後，將陷於谷底的民進黨拯救出來有功，而且曾任「行政院」秘書長，熟悉「行政院」的業務，因而接任的機率較高。

鄭文燦可能會大嘆「走寶」。「九合一」敗選後，蔡英文辭黨主席職，黨內外皆以為鄭文燦將會通過補選接任。但他當時面對民進黨的一蹶不振缺乏信心，擔心過不了二零二零年「總統」和「立委」大選這一關而必須引咎辭職，提前折損羽毛，而不願接過「燙手山芋」，召集黨內中生代協調由卓榮泰出選。如果當時他當時具有睿智遠見及魄力，欣然接下黨主席，民進黨敗部復活這個功勞就是他的，二零二四年「接班」就更具有正當性。現在，他一來面臨同屬「新潮流系」的賴清德「爬頭」競爭，二來桃園市的政績出現「審美性疲勞」，可能會增加接班的困難。最大的可能是，屆時他作為賴清德的副手搭檔參選「總統副總統」。但兩人均屬「新潮流系」，可能會遭到黨內其他派系「整碗捧去」的批評。

組織調整的第三個觀察點，是「立法院長」。民進黨獲得過半議席，將再次掌控「立法院龍頭」。而現任「立法院長」蘇嘉全，不但未能再次獲得民進黨提名為「不分區立委」候選人，而且也沒有參選「區域立委」，一月三十一日就得告別「立法院」。

新一屆「立法院長」，可能會有三人有意角逐。一是「不分區立委」游錫堃，他曾任「行政院長」和民進黨主席，資歷甚深。二是「英派」首領陳明文，「區域立委」連任成功。三是「不分區立委」柯建銘，歷任民進黨黨團總召，有「永遠總召」之稱，熟悉立法流程，而且「喬功」一流，鼎鼐協調能力很強。

三人都勢均力敵，似是也都勢在必得。本來，在民進黨尚沒有必勝把握時，蔡英文原本是安排游錫堃參選「立法院長」的，但不能保證可以當選，因而帶有「白老鼠」性質。但在民進黨奪得「立法院」過半議席後，蔡英文可能會重新思考，為了讓「立法院」更能貫徹其理念，陳明文的機會較高。而游錫堃則背負著兩個「原罪」，其一是曾在民進黨主席期間主持通過《正常國家決議文》，現在也是「正常國家促進會」的精神領袖。本來，按照「後法優於前法」的法理，《正常國家決議文》應當是「優於」《台灣前途決議文》。但蔡英文為爭取美國支持，及出於勝選考慮，只是強調「優於」「台獨黨綱」的《台灣前途決議文》，而從來不提《正常國家決議文》。這就顯示，她對「正常國家」就是有所顧忌，認為抵觸她所強調的「維持現狀」，「維持中華民國憲政體制」，並擔心被稱為「水牛」的游錫堃蠻幹，可能玩弄「立法院」搞出更多的「台獨法案」。但畢竟，蔡英文已經當選連任，無法再繼續販賣「芒果乾」，反而當務之急是恢復及發展經濟，否則「蜜月期」很快就會「玩完」。游錫堃的另一個「原罪」，是「正國會」與「新潮流系」的矛盾極深，而蔡英文與「新潮流系」則走得較為親近，並得到「新潮流系」的全力支持，今次大選的秘密軍師邱義仁，就曾經是「新潮流系」的元老，蔡英文不願得罪「新潮流系」。但從「正國會」的強烈反彈看，游錫堃的機率還是高於一線。至於柯建銘，則可能是繼續留任黨團總召。

至於「立法院副院長」蔡其昌，已經透過「區域立委」選舉成功連任，他對續任「副院長」的意願極高，他所屬的「新潮流系」也將予以全力支持，以牽制游錫堃。