在第五十六屆聯合國大會於九月十四日開議前夕，台灣「外交部」常務次長沈斯淳前日帶同條約法律司司長、國際組織司副司長及新聞司司司長等人一字排開舉行記者會，宣稱今年馬政府的「外交」努力方向，續以爭取國際支持，凝聚國際共識，參加聯合國外國組織為主軸。為此，馬政府今年將持續前兩年的政策，不推動加入聯合國，但以推動參與聯合國專門機構為目標，目前爭取以觀察員地位參與國際民航組織（ICAO）及「聯合國氣候變化綱要公約」（UNFCCC）為主。至於記者問到是否會在「參與名稱」上有任何堅持或妥協的問題，沈斯淳則表示，會以「有尊嚴、有意義」的方式參與。至於其他的細節或相關安排，在適當的時機再作處理。
馬政府在對待是否參與聯合國的政策上，將之鎖定為不推動加入聯合國，但以推動參與聯合國專門機構為目標，是受到以下主客觀原因及背景的約束限制，而作出的靈活調適對策：
一、遵守法律及「最高民意」的需要。眾所周知，「全民公投」的意義，是在於「全民最高意志」，也是「直接民權」。而二零零八年三月二十日進行的「總統大選綁公投」，無論是由當時執政進黨提出的「以台灣名義加入聯合國」公投案，還是由國民黨提出的「務實彈性返回聯合國」公投案，都因未能跨過「全國投票人總數二分之一以上」門檻而被否決。這是台灣地區的最高民意，馬英九作為法律意義上的「全民總統」，必須服從公投案中體現的「否決加入聯合國」的「最高民意」。如果馬政府再要搞「推動加入聯合國活動」，就成為要推翻「最高民意」的「獨裁總統」，必會遭到彈劾。作為嚴守法律的馬英九，當然是不會做違法的事情。
另外，按照《公民投票法》規定，公投案遭否決後，任何人不得在三年內就同一議題再提公投案。因此，在二零一一年三月二十日之前，台灣地區都不會有任何與「入聯」、「返聯」有關的公投案被提出。也就是說，直到第六十五屆聯合國大會開議的九月十四日之時，無論是「入聯」還是「返聯」的議題，都是屬於「違法」議題 。尚未「解禁」。作為擁有法學博士學位，且一向予人守法形象的馬英九，當然是不會去帶頭做違法的事，試圖衝擊法律規定，亦即不會委請「友邦」向聯合國提出「入聯」提案。
二、繼續執行「活路外交」政策，在「外交」領域上也與大陸「和平發展」策略的需要。馬英九上台以來，一直堅持「活路外交」政策，力圖避免在最具敏感性的「入聯」及「互挖外交牆腳」等問題上刺激北京。在「南線無戰事」之下，北京也就得以在抗擊台灣當局「入聯」及「邦交國爭奪戰」等激烈鬥爭中脫身出來，騰出精力去參與更具全局戰略意義的國際反恐、中美關係及主導「朝核」六方談判等活動。於是也來個投桃報李，在中南美洲一些國家向北京表達要與台北「斷交」並與北京建交的意願時，都予以婉拒，使台灣得以保持二十三個「邦交國」。與此同時，台灣與美國的關係也轉趨正常。馬英九經常將之來佐證自己「活路外交」政策的正確。既然如此，馬政府也就沒有必要再去做無益有害的「推動加入聯合國」的蠢事。－－無益，是因為明知不可能達到；有害，是必將會惡化兩岸關係，且也將會令到美國將其視為「麻煩制造者」。
三、強化「外交」領域成就，為二零一二「總統」大選勝選積累政治資本的需要。但是，馬政府卻又不能在「外交」領域上一無是處，毫無收獲。否則，在到二零一二年「總統」大選時，民進黨必會以此來打擊馬英九。因此，盡管馬政府不能也不願在推動「入聯」及爭取增加「邦交國」方面來展現其「外交成就」，但也必須循其他途徑來積累政治資本。於是，就從已嚐到「打開世界衛生大會大門」的甜頭中受到啟發，意圖在聯合國專門機構中尋找突破口。這樣，既是源於「胡連會」《兩岸和平發展共同願景》「促進協商台灣民眾關心的參與國際活動的問題」，不會刺激北京；也因參與聯合國專門機構，是除了加入聯合國及增加「邦交國」之外，最高層次的「外交成就」。因此，就將目標鎖定在「推動參與聯合國專門組織」。
馬英九之所以選準了這個「目標」，當然是有其理論和現實依據。其一，聯合國專門機構是在聯合國體系中，地位僅次於聯合國大會及其安理會附屬或下設機構如聯合國軍事參謀團，裁軍審議委員會，經濟及社會理事會，人權理事會，難民公署等機構，但又高於一般政府間國際組織的國際組織。這些專門機構是根據各國政府間的協定設立，通過特別協定與聯合國建立關係。它們與聯合國不是隸屬關係，而是單獨的自治組織，各有自己的成員、立法和執行機構、秘書處和預算。其會員國與聯合國的會員並不完全相同。這些專門機構經過聯合國經社理事會的協調機構「同政府間機構協商委員會」，與聯合國合作並彼此聯繫和配合。它們每年向經社理事會提交工作報告，並與聯合國之間經常交換情報和文件，可互派代表列席對方會議，但無表決權。
目前的聯合國專門機構，有國際勞工組織，聯合國糧食及農業組織，聯合國教育、科學及文化組織，世界衛生組織，國際貨幣基金組織，國際開發協會，國際復興開發銀行，國際金融公司，國際民用航空組織，萬國郵政聯盟，國際電信聯誼，世界氣象組織，國際海事組織，世界知識產權組織，國際農業發展基金會，聯合國工業發展組織等十六個。而國際原子能機構，世界貿易組織（WTO），也是在聯合國主持下建立的獨立的政府間國際組織，其地位與聯合國專門機構相類似。
其二、上述聯合國專門機構雖然都是聯合國經社理事會負責協調及合作的專門機構，凡是聯合國的會員國有意向加入的，只要提出申請，一般都可以順利加入，但其成員又未必完全與聯合國的的會員相同，有某些專門機構也允許非聯合國會員國的政治實體，以「準會員」、「觀察員」的身份參與其活動。在中國的協調之下，台灣「衛生署」以「觀察員」身份出席每年世界衛生組織的決策機構－－世界衛生大會的活動，就是馬政府要推動以「觀察員」地位參與聯合國專門機構活動的現實依據。而台灣「外交部」現在選擇的目標－－世界氣象組織，也存在著與世界衛生組織同樣的「巧門」。由於這些專門機構的職能具有高度專業性，業務比較狹窄，故在組織成員的吸收上較為注意「普遍性」，以擴大其活動領域，發揮其最大的組織效果。因此，參加專門機構的條件，通常比參加一般政治性組織的條件簡單一些，其成員資格的取得較為容易。有些國家，在某種情況下不可能加入聯合國或其他國際組織，但在接受某些專門機構基本文件的條件下，卻有可能成為這些專門機構的成員。在此情況下，某些聯合國專門機構也允許在其有關專業領域內享有某種管理權的非自治領土或地區參加其組織，以便在更廣泛範圍內進行必要合作。如果兩岸關係持續良好，馬政府所期待的以「世界衛生大會模式」參與聯合國專門機構的活動，並非沒有可能。