現在已有越來越多的人瞭解到，雖然香港、澳門同樣實施「一國兩制」，但香港、澳門兩部《基本法》，在某些具體規定方面，是有著不同之處的。其實，就在《基本法》起草的過程中，也經歷了不同的過程。關於兩個國際人權公約的延伸適用的問題，就是一例。

實際上，如果我們翻開《中英聯合聲明》和《中葡聯合聲明》進行對照，就可發現，兩個聯合聲明在關於兩個國際人權公約的適用問題上，存在著重大的差異：《中英聯合聲明》附件一《中華人民共和國政府對香港的基本方針政策的具體說明》的第十三部份，明確規定：《公民權利和政治權利國際公約》和《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的規定繼續有效。為此，在起草《香港基本法》時，就為此而專設了第三十九條：「《公民權利和政治權利國際公約》、《經濟、社會與文化權利的國際公約》和國際勞工公約適用於香港的有關規定繼續有效，通過香港特別行政區的法律予以實施。」「香港居民享有的權利和自由，除依法規定外不得限制，此種限制不得與本條第一款規定抵觸。」

據有關資料顯示，《中英聯合聲明》之所以有此表述，是因為英國在加入兩個國際人權公約時，是並聲明將之適用與香港的。但同時亦聲明保留公約中的某些條款不在香港適用，如公約中有關男女平等、男女同工同酬的規定；有關選舉和擔任公職的規定；有關遷徙自由的規定；有關驅逐出境的規定；關於工作的權利；關於工會有權成立全國性工會聯合會等規定等。

但在《中葡聯合聲明》附件一《中華人民共和國政府對澳門的基本政策的具體說明》的相應部份內容中，並無這樣的表述。

在《中葡聯合聲明》簽署後，這個重大差異並未引起澳門人的注意。只是發生了「六四事件」，尤其是一九九零年四月四日第七屆全國人大第三次會議審議並通過了《香港基本法》，其第三十九條明確規定兩個國際人權公約適用於香港的有關規定繼續有效後，這才引起了人們的注意。

不是要「攬功表功」，首先提出此問題的，就是當時任澳門基本法諮委會委員，及其居民權利義務專責諮詢小組、政治體制專責諮詢小組成員的筆者。在內地草委來澳進行調研及諮詢時，筆者發言提出了此問題，表示擔心缺少了這一條規定，不但是基本法中有關居民權利的規定內容無法得到源自於國際公約的完全保障，而且還將與香港形成「差別待遇」，使得「大香港小澳門」的情緒更為強烈。而與會的澳門基本法起草委員會委員林家駿主教，則在會上向對筆者發言感到興趣及關注的內地草委，介紹了相關背景。那就是因為當時《葡萄牙共和國憲法》是延伸到澳門適用的，而葡國憲法中有關公民權利的內容，幾乎是一字不改地抄錄了兩個國際人權公約的內容。另外，葡國政府也已宣佈將《歐洲人權公約》延伸到澳門適用。而在葡國政府於一九七六年十月七日簽署，葡國國會於一九七八年五月五日批准兩個國際人權公約之時，因為此時不但是尚未有「澳門回歸」的議題，而且中葡兩國還未有建交，另外葡國政府更是認為澳門居民的政治、經濟、文化、社會權利已透過在澳門適用的葡國憲法中得到落實保障，因而沒有像英國政府宣佈將兩個國際人權公約延伸到香港適用那樣，也宣佈將兩個國際人權公約也延伸到澳門適用。

在討論中，筆者認為，從澳門回歸之日起，葡國憲法理所當然地終止在澳門適用；而澳門的國際區域位置是在亞洲，澳門回歸後《歐洲人權公約》也理所當然地不能在澳門生效。在此情況下。葡國憲法所體現的兩個國際人權公約的原則和精神，就將會在澳門失效。因此，有必要像《香港基本法》那樣，明確地寫上相關內容。筆者的這個觀點，得到不少澳門草委、諮委的熱烈回響，要求草委會也參考《香港基本法》第三十九條的表述內容，在《澳門基本法》草案中增寫兩個國際人權公約在澳門適用的內容。而來自工聯總會的草委、諮委更進一步提出，也要像《香港基本法》第三十九條那樣，寫上國際勞工公約繼續適用的內容。這些建議，不但是得到內地草委的正面回應，而且也提醒了葡方：中國政府恢復對澳門行使主權後，隨著葡國憲法在澳門的失效退出，透過葡國憲法賦予澳門居民的人權保障也將會隨之流失；只有透過讓兩個國際人權公約延伸到澳門適用的方式，才能在人權保障領域上，繼續留下「葡國」的影子。

但是，當時澳門仍由葡國管理，而要把兩個國際人權公約「繼續有效」的內容寫進《澳門基本法》，其前提條件是：兩個國際人權公約必須是已經適用於澳門。而當時的實際情況卻是，葡國政府並沒有正式宣佈將兩個國際人權公約延伸適用於澳門；而當時中國方面也尚未加入兩個國際人權公約，不具有提出在澳門特區適用人權公約的法律地位和資格。因此，如要將相關內容寫進基本法，就必須先行由葡國宣佈將人權公約延伸至澳門適用，然後中方才能以對此一法律事實加以確認的方式，寫進基本法。至於國際勞工公約的問題，因為當時澳門已以附屬於葡國的「非主權國」地區的身份加入了國際勞工組織，並已引申適用了十六個國家勞工公約，包括一九五一年的《男女工人同工同酬公約》，一九二五年的《工傷事故賠償公約》等，而澳葡政府也已制定了一些法律，以實施這些公約。因此，有關國際勞工公約在澳門舉行適用的內容，就可以直接寫進基本法，而無需經過類似國際人權公約那樣的必須先行由葡方宣佈將之延伸到澳門適用的程序。

由此，由中葡聯合聯絡小組進行協商，並於一九九二年十一月十日的第十五次會議上，就一九九九年十二月二十日起適用於澳門特區的第二批國際公約名單達成協議，其中特別列入了兩個國際人權公約。在此基礎上，葡國國會於一九九二年十二月十七日通過第四一／九二號《決議》，決定將《公民權利和政治權利國際公約》、《經濟社會文化權利國際公約》延伸適用於澳門地區。而葡國國會的這個決議，也趕在最後通過《澳門基本法》草案文本的澳門基本法起草委員會第九次全體會議舉行的前一天，即一九九三年一月十二日，在《澳門政府公報》中刊登。這就為《澳門基本法》第四十條的順利制定和通過，清除了法律上的障礙。

葡國國會在將兩個國際人權公約的有關規定引申適用於澳門的決議中指出，這兩個國際人權公約「須在澳門予以落實，尤其是通過當地本身管理機構所發出的專門法規為之。」這就顯示，兩個國際人權公約不能直接在澳門直接適用，而必須通過澳門的現行法律，或由澳門立法會規定相應的法律予以實施。