由於台灣民進黨當局拒絕承認「九二共識」，因而其派駐澳門機構人員的輪替，也同樣受到「澳門錢七條」的嚴格束限，也像其派駐香港機構那樣，處於派不出主任的情況。但也有所不同，在香港這邊，是陸委會已經向盧長水簽發人事派令，但不獲香港特區政府簽發工作證，因而不能赴港屢任；而在澳門這邊，則是在原主任陳雪懷於二零一九年七月退休後，未能就任命接替人選與澳門特區政府達成共識，因而是處於「無法簽發新主任人事派令」的狀況。而且，連暫代主任的原組長李佩儒的工作證於二零二零年四月到期，因未獲續期而返回台北，而由另一位組長陳佳鴻出任代理主任至今（該機構長期缺派副主任）。
　　一九九六年尾至一九九七年初，台灣「立法院」在審議《港澳關係條例》時，在原由李登輝委託台灣政治大學教授蔡英文領銜擬撰的《港澳關係條例（草案）》中增設了第六條：「行政院得於香港或澳門設立或指定機構或委託民間圑體，處理台灣地區與香港或澳門往來有關事務」。有了這個「法源依據」後，「立法院」又對《陸委會組織條例》進行條訂，增設第二十條之一條文，授權陸委會設置駐港澳機構。
　　依據這一規定，「行政院會」於一九九七年五月中旬通過了《行政院大陸委員會香港事務局組織規程》草案，決定在陸委會下設香港事務局，以統一事權。由於該「組織規程」是屬於行政命令，故經「行政院會」通過後即具有法律效力，而無須由「立法院」審查通過，只是送交「立法院」查照即可。
　　一九九八年十一月二十四日，「行政院政務委員」楊世緘（按：榮毅仁的外甥）召集「外交部」、「陸委會」、「人事局」等相關部會人員，審査《行政院大陸委員會澳門事務處組織規程（草案）》。這個「組織規程」共有九個條文，規定「陸委會澳門事務處」的編制共有二十二人，處長爲簡任第十二職等，下設聯絡組、服務組及綜合組等三個組，其中一個組（服務組）由「外交部」負責，另兩個組由「陸委會」負責。
　　由於如同「香港事務局」一樣，「澳門事務處」也只是陸委會的內設機構，故其「組織規程」只需由「陸委會」自行發佈即可産生法律效力，而無須提交「行政院院會」甚至是「立法院」審議通過。故楊世緘召集會議審查該「組織規程，是從協調與該「組織規程」有關的「外交」、人事及大陸事務等主管部門之間關係的角度，對「草案」進行最後統合修飾，然後提交「陸委會」全體委員會議通過，即可發佈生效。一九九八年十二月三十日，「陸委會」以「（八七）陸港字第871798012號令」發布了《行政院大陸委員會澳門事務處組織規程及編製表》。其主要內容是：一、「陸委會」派駐港澳機構獨立區隔，分署辦公，以符合台灣當局的澳門與香港都是政治與法律地位平等的「特殊區域」的定位，及顧及澳門居民的感受；二、「陸委會」派駐澳門機構是「澳門事務處」而不是「澳門事務局」，處長爲十二職等，與「陸委會」內設七個業務處的處長（相等於大陸的司局長）平級，而比十三職等的「香港事務局」的局長低一級。
　　「澳門事務處」的業務量比「香港事務局」較爲遜色，故只有二十二人的編制。但即使如此，也比「九九」前「駐澳門臺北貿易旅遊辦事處」的不超過十三人的實有職數，幾乎增加一倍人手。但編列「編制」並不完全等於是實有職數，如「香港事務局」成立後，就在很長時間內都未能填滿編制，甚至連組長級的職位都空缺的較長時間。
　　「澳門事務處」的副處長是十一職等，組長則是十職等，副組長則是九職等，秘書則是八職等（有若干人得列九職等），另有若干專員及組長。以上人員均是由台灣相關部會派來，而約佔四成（約八至九人）的職員則在本地僱用。
　　「澳門事務處」只設三個組，比「香港事務局」少了商務組和新聞組這兩個組。相當於商務組的業務歸併入服務組，而相當於新聞組的業務則劃撥人聯絡組。實際上，「陸委會」的聯絡處所主管的業務之一，就是「新聞發佈」。經過這樣的統合後，「澳門事務處」下屬三個組所掌理的事項，大致上如下：
　　一、聯絡組：關於學術、教育及社會各界之交流聯繫、服務，及新聞發佈、文化交流、資訊服務等事項。
　　二、服務組：關於旅行證件服務，及經貿、投資、商業往來等事項。
　　三、綜合組：關於資料蒐集、問題研究、文書認證、庶務、人事會計，及其他不屬於各組之事務。
　　平情地說，台灣當局對於港澳事務，還是挹注了較多的資源的。就以二零零一年的財政預算為例，當年「陸委會」的預算為六億七千萬元（新台幣，下同），而「港澳業務」即為二億二千九百一十八萬元，佔整個「陸委會」預算的三分之一有多，是在「陸委會」預算表中，各個業務處主管的「企劃業務」、「經濟業務」、「法政業務」、「聯絡業務」、「文敎業務」、「港澳業務」中，從「預算大餅」中獲分到份額最多的業務處。
　　値得注意的是，在「陸委會」的當年預算，被「立委」壓缩百分之八點六的情況下，但「港澳業務」卻仍比上年度的二億一千零一十六萬元增長了百分之九。由此，「澳門台北經濟文化中心」的預算執行就有所盈餘。「陸委會」決定，將澳門節餘的經費，調撥給香港中華旅行社，供其在赤鱲角國際機場開設的辦事處使用。該辦事處的主要業務是向大陸赴台人士發放入台證件。
　　在馬英九出任台灣地區領導人期間，二零一一年七月四日，先是臺北的「陸委會」主委賴幸媛親自宣布，後是香港特區政府發言人發出新聞稿、澳門特區政府發言人譚俊榮宣布，台灣與香港、澳門之間互設辦事處。其中台灣駐港機構「中華旅行社」更名為「台北經濟文化辦事處」，駐澳門「台北經濟文化中心」也更名為「台北經濟文化辦事處」。另外，澳門特區政府將在台北設立「澳門經濟文化辦事處」。
　　七月十三日，「陸委會」向台灣各公眾機關發出了《行政院大陸委員會澳門事務處及香港事務局更名》的通知，聲稱「陸委會」轄下的澳門事務處及香港事務局對外名稱自七月四日及七月十五日起，皆更改為「臺北經濟文化辦事處」，英譯為「Taipei Economic and Cultural office」。
　　七月十九日，賴幸媛親自來澳，與臺北經濟文化辦事處主任羅木坤共同主持辦事處的揭牌儀式。賴幸媛指出，臺北經濟文化中心更名為臺北經濟文化辦事處並非單純改名，亦將對台澳關係有重大意義。賴幸媛是首次打正「陸委會」主委的招牌正式及公開訪問澳門，並視察臺北在澳業務的，算是為「臺北經濟文化中心」的「升格」及「正名」履行了官方程序。但其內部架構及職能配置，仍然採用《行政院大陸委員會澳門事務處組織規程及編製表》。
（發自長沙）