《台港澳交流手冊》在闡釋台灣當局對港澳居民赴台入出境、居留、定居的政策指出，「九九」前，澳門居民申請赴台，是依《國家安全法》及其施行細則、《台灣地區入出境管理作業規定》及《國人入境短期停留長期居留及戶籍登記作業要點》等相關法令規定辦理；「九九」後，則適用《香港澳門關係條例》及其施行細則、《香港澳門居民進入台灣地區及居留定居許可辦法》等相關法令。有關申請入出境、居留及定居的手續，基本上是在保障澳門居民權益的前提下，延續「九九」前規定，並無很大差異。但應特別注意不可在台逾期停留及未經許可工作，否則將因違反相關規定而被強制出境，並限制至少一年內不得再入境。
由於在「九九」後，依據澳門特區政府新頒的《澳門永久性居民及居留權法》規定，澳門居民必須取得身份証並居留滿七年，始具永久居留權，故自二零零零年三月一日起，台灣當局審核澳門居民赴台案，對於澳門居民身份的認定，是以具有下列証明文件之一為認定位據：一、澳門特別行政區永久性居民身份証；二、澳門特別行政區護照；三、澳門身份証明局所核發的居留權証明或永久性居民身份証明書；四、持有「九九」前所核發的澳門居民身份証，並符合下列條件之一的：a、身份証出生地載明為澳門的；b、澳門居民身份証自首次核發之日起屆滿七年的；c、持有澳門治安警察廳出入境事務局所核發的永久居留証的。但為落實保護澳門居民權益的港澳政策，對於澳門居民於二零零零年二月二十九日前持有澳門居民身份証滿四年，境管局曾核准赴台有案，並取得華僑身份的，得依規定繼續申請入出境及居留。境管局於二零零一年二月二十九日前核發的入出境証件，仍得於效期內繼續使用。
原大陸居民移居澳門尚未滿七年，如欲申請赴台，應以大陸地區人民依《大陸地區人民進入台灣地區許可辦法》等相關法令規定，不得以澳門居民身份辦理。另依《大陸地區人民來台從事觀光活動許可辦法》，雖未取得澳門永久居留資格証件，但在澳門地區居住四年以上，且領有工作証明或直系親屬証明文件正、副本，先向台北經濟文化中心申請審核許可後，再據以委託旅行社向入出境管理局申請入台証事宜。
依《香港澳門居民進入台灣地區及居留定居許可辦法》規定，澳門居民申請進入台灣地區，計分為五類：一、一般入出境。發給單次入出境許可、逐次加簽許可或多次入出境許可，持憑入出境。二、臨時入境停留十四日。發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。三、特殊事故。發給入境証明書，申請人抵達台灣地區機場、港口時，應補辦一般出入境手續。四、緊急入境。發給許可先行入境通知單，申請人亦應補辦一般入出境手續。五、機組員、窒服人員或船員入境臨時停留。發給臨時停留許可証，持憑入出境。
澳門居民若欲赴台停留，可檢具入出境申請書、有效期間六個月以上的澳門護照〔按：應是指澳門特區護照〕或永久居留資格証件及其他相關証明文件等，向澳門「台北經濟文化中心」申辦。其費用為申請單次入出境許可新台幣四百元〔港幣一百一十元〕；逐次加簽許可新台幣四百元，每次加簽亦為新台幣四百元；每次入出境許可分一年效期新台幣八百元〔港幣二百二十元〕及三年效期新台幣二千元〔港幣五百五十元〕。此外，尚需負擔郵費。
單次入出境許可的有效期為自該發之翌日起六個月，可在有效期內入出境一次。因故未能於有效期間內入境的，得於有效期間屆滿前，填具延期申請書，檢附單次入出境許可，向境管局申請延期一次，其有效期間自原期間屆滿之翌日起六個月。經常入出台灣地區的，得核發逐次加簽許可或多次入出境許可，其有效期間自核發之翌日起一年或三年。逐次加簽許可在有效期間內辦理加簽後，即可入出境；其加簽延期自加簽翌日起六個月。但不得逾逐次加簽許可之有效期間。多次入境許可在有效期間內可多次入出境。澳門居民經許可進入台灣地區者，停留期間自入境之翌日起不得逾三個月，並得申請延期一次，期間不得逾三個月。
澳門居民因特殊事故急須進入台灣地區，附有証明文件，應備具入出境申請書、有效期間六個月以上的澳門護照及其他相關証明文件，及快証費用新台幣三百五十元〔港幣八十二元〕等，向澳門台北經濟文化中心申請。初次申請的，限本人親自辦理；再次申請者，可由本人或委由代申請人或旅行社提出申請。申請案如獲核准，最遲於七日內即可領取入出境証件。持入出境証明書進入台灣地區，應於入境時先向境管局機場，港口入出境旅客服務站新辦一般入出境手續後，再行查驗入境。
澳門居民在台如逾期停留，治安機關予以強制出境。強制出境前，得暫予收容。其下次申請入出境，主管機關得不予許可，其不予許可期間自出境之翌日起為一年至三年。但有以下情況之一者：懷胎七個月以上或生產、流產後二個月未滿者，羅患疾病而強制其出境有生命危險之虞者，在台灣地區沒有戶籍之配偶、直系血親、三親等內之旁系血親、二親等內之婚親在台灣地區患重病或受重傷而住院或死亡者，遭遇天災或其他不可避免之事變者；或逾停留期限十日之內，且自行購買機票前往機場接受強制出境的，不在此限。如逾留期限十日以上者，其申請居留或定居，主管機關得不予許可，不予許可期間亦自出境之翌日起為一年至三年。
〔台北專電〕