據《台港澳交流手冊》所示，澳門居民有台灣地區來源所得者，應就其台灣地區來源所得，依《所得稅法》規定課徵所得稅，其納稅方式如下：
一、在台居留日數未超過九十天的，有台灣地區來源之扣繳所得，由扣繳義務人就源扣繳，無須申報；如有非屬扣繳範圍之所得，應於離境或申請延期居留前，辦理申報。但自台灣地區境外僱主所取得的勞務報酬，無須申報。
二、在台居留日數超過九十天而未滿一百八十三天的，有台灣地區來源的扣繳所得，由扣繳義務人就源扣繳；如有非屬扣繳範圍所得及因在台灣境內提供勞務而自境外僱主取得的勞務報酬，應於離境或申請延期居台前，辦理申報。
三、在台居留滿一百八十三日的，應於次年度五月一日起至五月三十一日止，辦理上年度的結算申報。但若於申報期限開始前離境的，應於離境前辦理當年度結算申報。扣繳義務人於繳付所得時，應依各項所得扣繳率標準第二條規定扣繳。
澳門法人、團體或機構有台灣地區來源所得者，按以下方式申報所得稅：一、在台灣地區前固定產業場所或營業代理人，在台灣地區有《所得稅法》第八十八條規定的各項所得的，其應納稅額應由扣繳義務人於給付時，依規定的扣繳率扣繳之，不適用結算申報的規定。如有非屬同條規定扣繳範圍之所得，應依規定稅率申報納稅。二、在台灣地區無固定營業場所而有營業代理人，在台灣地區來源所得的，除依《所得稅法》第二十五條及第二十六條規定計算所得額，並依規定扣繳所得稅額外，其營利事業所得稅應由其營業代理人負責，依《所得稅法》規定向該管稽徵機關申報。
台灣地區人民、法人，團體等欲往澳門投資，應依《對香港澳門投資或技術合作審核處理辦法》規定，向「經濟部」投資審議委員會〔以下簡稱「投審會」〕提出申請。為便利個人及企業對外投資商機的取得，其投資金額分別在美金五百萬元及美金五千萬元以下的，可適用先投資事後六個月辦理
報備的規定。至於超過上列投資金額者，則須事先向「投審會」申請獲准後，方可進行。
依「港澳關係條例」規定，澳門的公司組織在台灣地區營業，準用《公司法》有關外國公司之規定。但該公司組織如大陸地區人民、法人、團體或其他機構，擁有其資本額達百分之二十以上或參與達實質控制的程度的，得不予認許。經認許的，得撤銷之。故現行實務仍視澳門公司為外國公司，於申請認許後在台申設分公司營業與其他國家相同，並無特別限制。
「九九」後，台灣當局基於大陸政策及港澳政策整體原則與務實考量，在澳門仍能維持其自由經濟制度與高度自治地位的前提下，將澳門定位為有別於大陸其他地區的特別區域。並經「港澳關係條例」中明文賦予澳門「第三地」的地位，故「九九」後台澳間的經貿交通仍可維持直接往來關係。
依據現行法令規定，澳門居民、法人團體在「九九」後可赴台投資，其申請手續依申請人的身份有所不同。即取得「華僑身份証明書」者，應依《華僑回國投資條例》規定辦理；未取得該証明書若具有澳門永久居留資格的，則準用《外國人投資條例》規定辦理。二者均是向「經濟部」投資審議委員會是出申請。
澳門居民在台灣地區辦理結匯事宜，如屬長期居留亦已取得居留証或外僑居留証的，得比照國民結匯規定，享有相同的結匯額度〔目前每人每年結匯金額為五百萬美元〕；如屬短期停留的，得憑「境管局」核發的入出境証或臨時入境停留通知單辦理結匯，其結匯金額比照未領有外僑居留証的外國自然人〔目前每人每筆結匯金額為十萬美元〕。
根據「港澳關係條例」第三十七條規定，澳門居民、法人、團體或其他機構能否在台灣地區申請專利、商標或其他工業財產權的註冊或相關程序時，得視有無如下情況而定：一、台澳共同參加保護專利、商標或其他工業財產權的國際條約或協定；二、台澳簽訂雙邊相互保護專利、商標或其他工業財產權的協議或由團體機構互訂經主管機關核準的保護專利、商標或其他工業財產權的協議。三、澳門對台灣地區人民、法人、團體或其他機構申請專利、商標或其他工業財產權的註冊或相關程序予以受理時。另外，澳門對台灣地區人民、法人、團體或其他機構的專利、商標或其他工業財產權的註冊申請承認優先權時，澳門居民、法人、團體或其他機構於澳門為首次申請之翌日起十二個月內向「經濟部」申請者，得主張優先權。前項所定期間，於新式樣專利或商標註冊案為六個月。
澳門居民及法人著作，在台灣地區受保護的情況如下：一、澳門居民於「九九」前已依台灣當局的「國籍法」以「本國人」身份取得著作權保護的著作，或依《著作權法》規定以外國人著作受保護的著作，在「九九」後仍繼續在台灣地區依《著作權法》享有著作權。二、澳門居民或法人的著作自二零零零年九月十四日起，在台灣地區得依《著作權法》享有著作權。三、如非屬前述一、二範圍的著作，則自「九九」起，視其著作是否符合「港澳關係條例」第三十六條第一款「於台灣地區首次發行或於台灣地區外首次發行後三十日內在台灣地區發行」的規定，認定其可否在台灣地區依《著作權法》享有著作權。另外，自「中國台北」於二零零二年一月二日加入「WTO」時起，澳門居民或法人著作在台灣地區得依《著作權法》享有著作權，原不保護的部份納入保護。基於「中國台北」加入「WTO」前未受保護的澳門著作，自「中國台北」加入「WTO」後，應受國籍保護。
台灣地區居民或法人著作在澳門自二零零零年九月十四日起，澳門特區政府依「實質對等保護原則」，給予著作權保護。