據《台港澳交流手冊》所示，「九九」後澳門地位改變，澳門居民已非台灣當局「護照」核發對象，故台灣當局在「九九」後不再對澳門居民核發「中華民國護照」。但對於「九九」前已持有「中華民國護照」的澳門居民，仍可依規定程序換發「護照」。另外，旅居海外的澳門居民在「九九」前未曾持有台灣當局「護照」，但符合《護照條例施行細則》第十九條規定，並經「外交部」許可後，即可持用台灣當局「護照」。

「九九」後澳門居民除依「港澳關係條例」取得「華僑身份証明書」者，得依照有關華僑取得或設定土地權利的有關規定辦理〔本人親自到地政事務所申辦登記，經核對身份相符後，免附印鑑証明，若授權島內親友處分在台不動產申辦登記者，經檢附台灣當局駐外單位驗發的授權書者，亦免附授權人的印鑑証明〕外，其餘澳門居民、一般法人、團體或其他機構擬在台灣地區取得或設定土地權利的，在澳門對於外國人士在該地取得不動產權利的規定尚未改變之前，得以分別繼續準用「九九」前澳門居民、法人、團體及其機構在台灣地區取得或設定土地權利的有關規定。換言之，「九九」前未取得「華僑身份証明書」的澳門居民，在澳門對於外國人在該地取得不動產權利的規定未改變之前，仍得在台灣地區依《土地法》相關規定取得土地或建物權利。

「九九」前未取得「華僑身份証明書」的澳門居民，得憑澳門特區護照，依《國內金融機構辦理在台無住所之外國人開設新台幣賬戶注意事項》開設新台幣賬戶。

「九九」後澳門居民繼承台灣地區人民之遺產，是類推適用《涉外民事法律適用法》有關繼承的規定，不會被視為大陸地區人民而限制其遺產繼承的金額。

由於目前澳門特區政府同意持有台灣駕駛執照的「澳門居民」可在澳門地區免考換照，至於「非澳門居民」持有台灣駕駛執照，並不得在澳門地區免考換照，故基於互惠原則，澳門居民持澳門所發國際駕照者，得經簽証〔有效期三至六個月〕給予在台灣地區駕駛汽車、輕重型電單車的資格；持澳門所發的駕駛執照而具台灣地區「國籍」者，得免考換發台灣同等車類的普通駕駛執照；至於澳門所發駕照但未具台灣地區「國籍」者，不得免考換發台灣駕駛執照。

「九九」後澳門居民在台灣地區的兵役，應依《徵兵規則》規定，自初設戶籍登記之翌日起，於屆滿一年後辦理徵兵處理，徵集服役。至於「九九」前在台設籍的澳門居民，則得由「僑委會」出具其原具有「華僑身份証明書」，仍繼續適用《歸國僑民服役辦法》的規定。

「港澳關係條例」第五十六條規定，「台灣地區與香港或澳門司法之相互協助，得依互惠原則處理」，但因目前台灣地區與澳門間迄未能就兩地間的司法互助，包含相互間裁判的承認與執行，簽訂進一步的協議，故雙方並未有通案承認相互裁判的情況。

「港澳關係條例」第六條第一項規定：「行政院得於香港或澳門設立或指定機構，處理台灣地區與香港或澳門往來有關事務」，準此，有關「九九」後在澳門製作的文書，得依「港澳關係條例」第九條的規定，向澳門台北經濟文化中心申請文書驗証。但僅能作形式上的驗証，至於其實質內容的認定，仍應由有關機關或法院為之。

在澳門製作的文書驗証，向澳門台北經濟文化中心申請，其手續、所需費用、時間等如下：

一、身份証明、良民証、出生紀錄、婚姻紀錄等一般文件，須繳交澳門居民身份証正本〔驗畢退還〕及影本一份，在台之親屬身份証影本。費用澳門幣七十二元。

二、商業文件〔包括產地來源証明書〕，須繳交公司營業稅正本〔驗畢退還〕及影本一份。費用澳門幣一百二十元。

三、授權書，須繳交授權人的「中華民國護照」、國民身份証或澳門居民身份証其中一項証件正本〔驗畢歸還〕及影本一份，及被投權人的証件影本一份。費用澳門幣一百二十元。

四、辦証時間為五個工作天。

「港澳關係條例」所稱的「澳門居民」，是指具有澳門永久居留資格，且未持有澳門特區護照以外的旅行証照或雖持有葡國護照但是在「九九」前在澳門取得者。澳門人士若具有他國國籍或持有前述証照以外的旅行証照，即不屬「港澳關係條例」所稱的「澳門居民」。

澳門居民申請在台定居經許可的，原則上應在預定申報戶籍地設籍或居住。若未在預地申報戶籍地居住時，應向該地戶政事務所申請於台灣地區定居証上簽註變更住址後，由預定申報戶籍地的戶政事務所函送實際居住地的戶政事務所辦理戶籍登記。此外，澳門居民在台灣地區辦理戶籍登記後，如須更正戶籍登記事項，應向戶政事務所申請辦理。澳門居民經許可在台定居並已辦妥戶籍登記後，即為「台灣地區人民」。如欲申請出入境，應以台灣地區人民身份辦理，不得再以澳門居民身份申請。