如果說，馬政府上臺之後，因為擔心遭到民進黨攻擊「傾中賣台」，而不敢貿然宣佈恢復馬英九有份參與幕僚工作的「國統綱領」及「國統會」的運作，人們尚是可以理解的話，那麼，最近陸續發生或被揭發的一些政治意涵不高、只屬技術操作層面的公務領域運作，仍是「扁規馬隨」，實質上是在延續除水扁的「一邊一國」路線，那就匪夷所思了。
其中，「外交部」歐洲司副司長（即將接任歐洲司長）李光章日前在記者會上就以歐陸一些小型航空公司的臨時雇員不瞭解「Republic of China」即為「TAIWAN」，「未在免簽名單內」，拒絕持舊版「護照」的台灣旅客登機為由，呼籲台灣民眾趕快申辦加註「TAIWAN」字樣的「中華民國護照」，以免出國時發生困擾 。此議讓「獨派」人士高興了一陣子，聲稱這證明當年陳水扁決定在「中華民國護照」的封面加註「TAIWAN」字樣是正確的，也是有遠見的。而中國國民黨當年反對在「護照」上加註「TAIWAN」則是錯誤的。現在連馬政府的「外交部」都呼籲台灣民眾申辦加註「TAIWAN」字樣的「護照」，那就等於是為當年陳水扁的做法「平反」了。民進黨「立委」蔡煌瑯更痛批，「外交部」應積極對外宣傳「ROC」就是台灣。
實際上，當年陳水扁策劃在「護照」上加註「TAIWAN」字樣時，包括馬英九在內的國民黨人都奮起抨擊這是大搞「一邊一國」活動，顯然是「漸進式台獨的一種表現形式」，同時也「破壞了兩岸關系」。曾任「外交部長」的國民黨籍「立委」章孝嚴呼籲扁政府的「外交部」懸崖勒馬，審慎為之，否則將引發很大的爭議。章孝嚴還指出，據國際慣例，「護照」封面只有兩種文字：國名與檔案名稱。「護照」上的「國名」與檔案名稱之間不能隨便加上文字，處理不當將變成國際笑話。但是扁政府的「外交部」的設計卻違反國際常規，在「國名」與檔案名稱之間加上「TAIWAN」。章孝嚴質疑扁政府「外交部」是受到「獨派」團體的壓力，才會產生這種奇怪的「護照」。
實際上，眾所週知，護照是一種流行於國際間的能見度極高的證件，護照上的文字更是對護照發行地主權性的一種陳述， 陳水扁在台灣「護照」加注「台灣」字樣，已經帶有變相更改其「國號」的意味，帶有在國際上宣揚「台灣國」「主權獨立」的意圖。與此同時，陳水扁也企圖利用在「護照」上加注「台灣」字樣，進一步向台灣民眾灌輸「台獨」思想。陳水扁上臺後，通過刪除軍中「統一」字樣，以所謂的「通用拼音」取代原有的中文拼音、在中小學校推行具有「台獨」思想的「認識台灣」教材等，一步步向台灣民眾灌輸「台獨」思想，而在「護照」上加注「台灣」，不過是其這一手法的再一次翻版。
當時任臺北市長的馬英九也批評，「護照」加注臺灣這個議題不僅在意識型態上敏感，同時也涉及現行「護照條例」等法律規定，因此他認為必須再做進一步討論如何加注才不會引發誤解。另外，現行「護照條例」等相關法規是否允許加注字樣，這類的問題都應該再做檢視。
但是，現在卻是由馬政府的「外交部」官員呼籲民眾趕快申領加註「TAIWAN」字樣的「護照」，說是「扁規馬隨」還算是輕的，其實是在為陳水扁「平反」。
又如，當年陳水扁為了配合其「正名」，硬是將郵票上的「中華民國郵票」中英文字樣去掉，而改以「台灣郵票」中英文。馬英九、蕭萬長就職前，陳水扁仍在大搞小動作，所設計的馬蕭就職紀念郵票上也只有「臺灣TAIWAN」，沒有「中華民國」。馬英九對此相當有意見，退回設計稿並拍板決定暫緩發行。馬政府上臺後，雖然恢復了「中華民國郵票」字樣，但仍是在「中華民國」字樣後面以「括號」保留英文「TAIWAN」字樣。這分明是刮馬英九的巴掌。
最新的一個例子，則是昨日由台灣競選力論壇召開的「馬政府真的要把中華民國去中國化」記者會揭露的。據與會者揭露，陳水扁在卸任前，搶著於二零零八年四月通過《九年一貫制課綱》。在該「課綱」中，刻意操弄「去中國化」，規定將一至六年級亦即小學階段的「國語」課程名稱，改為「華語」；同樣，亦將七至九年級亦即國中階段的「國文」課程名稱，改為「華文」。此外，以隱晦的方式，將中華文化的傳統歸類為外國的文化，而所謂的「本國文化」則主要意指台灣一地的文化。因此，與會者批評，將國語改成「華語」，國文改成「華文」，就等於是把自己視為「華僑」。如此一來，台灣民眾就和新加坡及歐美國家的華僑一樣，因為他們都稱中文為「華文」。
但是，政當輪替已經兩年，「教育部」卻一直未有向「行政院」報告此問題，甚至當有教育工作者向「教育部」反映此問題時，「教育部」的中層以上官員，卻回應說要等到年底「五都」選舉過後，視選情再來決定是否修正。然而，該「課綱」是將於明年初正式實施的，屆時要修正，已是來不及了。這個邏輯真是荒唐透頂。何況，「教育部」中層官員竟說要看「五都」選舉的選情來決定是否修正，這豈非是自認為民進黨有機會再次執政，因而要「以不變應萬變」？
為此，與會者都炮轟，盡管已經政黨輪替了兩年多，但很多中層以上的官員直到現在仍還是在延續扁政府時代的思維。至於新進官員則無法掌握教育的主軸。如果此一「課綱」正式實施，將形同馬政府延續了扁政府時期的沒有完全成功的「去中國化」政策，茲事體大。台灣競爭力論壇執行長謝明輝指出，倘若此事成真，將形同藍軍大營失火，藍軍將失去核心價值，不知為何而戰、為誰而戰，不僅將影響藍軍「五都」選情，還將進一步直接影響二零一二年的大選。台灣大學心理系教授黃光國還聲稱，如果「教育部」不更改這項政策的話，他這個「國策顧問」就不可再幹下去。謝明輝則認為，黃光國若辭去「國策顧問」，馬英九的江山就將不保，因為失去核心價值之後，藍軍都不會再聽從馬英九的號召。
其實，馬英九本人是反對「教育部」將國中小國語文課程改名為「「華語文」的。當二零零八年二月扁政府末期，「教育部」修訂國中、小國語文課綱時，當時仍是「總統」候選人的馬英九就痛批這是「新戒嚴、新的言論思想管制」，國民黨也聯合當時的十八個藍營執政縣市向扁政府嗆聲，要自編教科書抵制。但馬政府執政後卻忘了這件事的存在，「教育部」也未主動有所作為。雖然說，馬英九未必能管到這些具體事務，主要是「外交部」、「交通部」、「教育部」的事，但至少反映了馬英九上臺後，未有向各部會發出必須在公務活動中去除陳水扁執政時期遺留下來的「去中國化」標誌的指引。